Der geschichtliche Hintergrund seines Lebens war der Konflikt zwischen Herzog Albrecht III. von Mecklenburg, der gleichzeitig König von Schweden war, und der Königin Margarete von Dänemark. Albrecht III. setzte die Vitalienbrüder unter Führung von Meister Hugo im Kampf gegen die dänische Königin Ende des 14.Jahrhunderts ein.

Klaus Stoertebeker und der fast ebenso berühmte Gödeke Michels befanden sich unter den Piraten, die die von See eingeschlossene Stadt Stockholm, die damals eine Stadt deutscher Kaufleute war, mit Lebensmitteln versorgten. Das gelang Meister Hugo, der ein listenreicher Stratege war, so: Er blieb kurz vor Stockholm mit seinen Schiffen im Eis stecken. Umgehend bereiteten die dänischen Truppen einen Angriff auf die vermeintlich hilflosen Vitalienbrüder vor. Die List Meister Hugo's bestand darin, daß er die eigenen Schiffe vor dem Angriff der Dänen mit gefällten Baumstämmen umgab und diese mit Wasser übergoß. Die mit Eis überzogenen Stämme bildeten eine unüberwindliche Barriere für die dänischen Truppen. Für die Armee der dänischen Königin endete dieser Angriff in einer Katastrophe, denn viele Soldaten brachen ein und ertranken.

Nun zu den Vitalien: Mit Vitalien sind einfache Lebensmittel gemeint, die zum täglichen Leben zu dieser Zeit gehörten. Die Vitalienbrüder wurden auch "Likedeeler" (Gleichteiler) genannt, weil jedes Mitglied der Gruppe den gleichen Anteil an der jeweiligen Beute bekam. Dieses brachte ihnen den Ruf, große Menschenfreunde zu sein, ein. Sie bekamen offiziell ausgestellte Kaperbriefe. Ein Kaper ist ein bewaffnetes Privatschiff, das aufgrund staatlicher Ermächtigung berechtigt ist, feindliche Handelsschiffe aufzubringen. Also auf eigenes Risiko.

Der Name Klaus Stoertebeker wurde von seiner allerorts bekannten Fähigkeit abgeleitet, einen ellenhohen Trinkbecher in einem Zuge leeren zu können. (wie: hinunterstürzen - "Klaus-stürz-den-Becher".

Nach Friedensschluss setzten die Freibeuter ihre Fahrten (nun ohne Kaper) in der Ostsee fort. Damals wurde Klaus Stoertebeker zusammen mit Gödeke Michels einer der Leitfiguren der Vitalienbrüder. Ihr Hauptgegner war die Hanse, die 1398 mit Unterstützung des Deutschen Ordens die Seeräuber von ihrer Basis, der Insel Gotland, aus der Ostsee vertrieben.

Die Vitalienbrüder verlegten nun ihre Aktivitäten in die Nordsee, damals noch Westsee genannt, wo sie mit den friesischen Kaufleuten und Häuptlingen, die auch untereinander verfeindet waren, die Hanse als gemeinsamen Gegner hatten. Klaus Stoertebeker fand in Ostfriesland, insbesondere in Marienhafe, große Unterstützung für seine Taten. Der Verrat eines Friesenhäuptlings läutete jedoch schon bald das Ende der Vitalienbrüder ein.

Bereits 1400 wurde Klaus Stoertebeker vor Helgoland von einer Hanse-Flotte unter der Führung von Simon von Utrecht besiegt und aufgebracht. Er wurde als Gefangener mit seinen Getreuen nach Hamburg geführt. Gödeke Michels erfuhr 1401 in der Wesermündung das gleiche Schicksal, und mit ihm 80 seiner Getreuen.

Klaus Stoertebeker, der über gewaltige Körperkräfte und eine große Trinkfestigkeit verfügt haben soll, wurde am 21.10.1401 in Hamburg hingerichtet. Vor der Hinrichtung ließ sich Klaus Stoertebeker eine letzte Bitte gewähren. Es sollten all jene seiner Männer frei sein, an denen er, mit bereits abgeschlagenem Kopf, noch vorbeischreiten könne, bevor er zusammenbräche. Der anwesende Bürgermeister sagte zu. Der bereits kopflose Klaus Stoertebeker hatte bereits den 11. Mann passiert, als ihm der Henkermeister Rosenfeld ein Bein stellte und Klaus Stoertebeker stürzte. Danach brach der Bürgermeister sein gegebenes Versprechen und ließ alle 73 Seeräuber enthaupten. Ihre Schädel wurden auf Pfähle gespießt und am Hafenrand aufgestellt.